Organické látky v odpadních vodách (např. fekálie, tuky, zbytky potravin) slouží jako potrava pro mikroorganismy. V čistírnách (ČOV) jsou odbourávány v biologickém stupni. Bakterie je za spotřeby kyslíku přeměňují na vodu, oxid uhličitý a novou biomasu. Množství tohoto znečištění se měří pomocí ukazatelů BSK (biochemická spotřeba kyslíku) a CHSK (chemická spotřeba kyslíku).